Birçok akademisyen "kahverengi vebası" geldiğinde Almanya'dan ayrıldı. Ülkelerini lanetlediler ve tarihte çöplüğe atılmış olarak unuttular, ama Karl Jaspers öyle yapmadı, halkıyla birlikte bu sınavdan geçmeye karar verdi. 1945'te Almanya'yı lanetledi. 1937'de Yahudilere sempatisi nedeniyle profesörlük unvanı utançla geri alındı ve eski meslektaşları onu taciz etmeye başladı. Bilim insanı, o zaman bile ülkeden ayrılmak istemedi. Sekiz uzun yıl boyunca yazdığı eser yayımlanmadı ve tutuklanma tehdidiyle yaşadı. 1945'te her şey değişti, faşizmin prangaları kırıldı. Jaspers, rejimle işbirliği yapan herkesin tarihin çöplüğüne gideceğini düşündü; ancak üniversiteye geldiğinde kendisine zulmedenlerle karşılaştı. Sanki herkes geçmişi unutmuştu. Bilim insanı bu utancı kaldıramadı, Almanya'yı lanetledi ve ülkeyi terk etti. Bir daha Alman topraklarına ayak basmadı ve hayal kırıklığının sonucu olarak felsefeci olarak en önemli eseri "Suçluluk Sorunu"nu yazdı; bu makalede ilk kez "toplu suçluluk" kavramını temellendirdi ve tanımladı. Bu eser, faşizm fenomeninin kavramsallaştırılmasının başlangıcı oldu; ayrıca Karl Jung ve Sigmund Freud'un suç sorusunu analitik psikoloji perspektifinden anlamaya çalıştığı makaleler ve röportajlar bu kitabı oluşturdu.